Alina Rotaru studierte an der Universität für Musik ihrer Heimatstadt Bukarest Klavier und Chordirigat. Nach ihrem Umzug nach Deutschland 1999 studierte sie Cembalo bei Siegbert Rampe und Wolfgang Kostujak an der Folkwang Hochschule für Musik in Essen, bei Carsten Lohff und Detlef Bratschke an der Hochschule für Künste Bremen sowie Bei Bob van Asperen am Conservatorium van Amsterdam.
Sie konzertiert als Solistin und Ensemblespielerin und ist künstlerische Leiterin von verschiedenen Orchester-, Opern- und geistlichen Musikprojekten des deutschen Früh- und Spätbarock. Als Solistin hat sie bisher in den meisten Europäischen Ländern, Japan, Südamerika und USA konzertiert. Seit 2006 unterrichtet sie an der HfK Bremen.
Ihre Cembaloaufnahmen mit Werken von J. P. Sweelinck (2010), J. J. Froberger (2012) und den englischen Virginalisten haben von der internationalen Fachpresse höchstes Lob erhalten, für welche Alina Rotaru zu den hochkarätigsten Cembalisten der jüngeren Generation gehört.
Sie lebt zurzeit in Vilnius, Litauen. Zusammen mit dem Gambisten Darius Stabinskas gründete Sie 2016 das Ensemble MORGAINE, das sich auf das musikalische Erbe der Polnisch-Litauischen Adelsrepublik konzentriert.